<li>もしくは内容が<a>ですべて囲われていて、それがinline-boxになっているとリストマーカーが下ぞろえになってしまう。
回避策としてはinline-boxを使わないこと。
今回に関していうと、pdfへの直リンクでアイコンを自動付与するさいに背景でpadding-rightを持たせるためにinline-boxにしていた。回避するために:afterにcontentを付与する方式に変更。
ソース例）
a[href$=".pdf"]:after{
content:" ";
display: inline-block;
width: 16px;
height: 16px;
background: url("../images/df_set/icon_pdf_16.png") no-repeat;
}